Am 9. November 1989 fiel die Berliner Mauer, die Teilung der Stadt fand ein Ende. Die Bedingungen der Hochschulentwicklung änderten sich grundlegend. Während die HdK, von ihrer Gründung im Jahr 1975 an, eine Hochschule im Westteil Berlins war, fand sie sich nun als eine Gesamtberliner Einrichtung wieder.

Durch die überraschend eingetretene neue Konstellation ergaben sich neue Chancen. Die Erfordernisse des Zusammenwachsens der beiden zuvor noch getrennten Stadthälften und die schlechte Haushaltslage des Landes Berlin erzwangen allerdings auch tiefgreifende strukturelle Veränderungen und Sparmaßnahmen. Die Hochschule musste den Fachbereich Druck aufgeben und in Kauf nehmen, dass der Fachbereich Erziehungs- und Gesellschaftswissenschaften einem Sparbeschluss zum Opfer fiel. Sämtliche künstlerische Kernfächer im Rahmen der von Anfang an angestrebten „universitas” der Künste konnten aber erhalten werden. Die Hochschule der Künste reorganisierte sich: Aus elf Fachbereichen wurden vier Fakultäten.

1991 wurde erneut ein Kulturpolitiker, Olaf Schwencke, zum Präsidenten gewählt. Ihm folgte 1995 der Kunstwissenschaftler Lothar Romain. Beide stießen notwendig gewordene, in die Zukunft weisende Veränderungen an. 1996 beschloss der Akademische Senat die radikale Strukturreform, die zur heutigen Struktur mit den vier Fakultäten Bildende Kunst, Gestaltung, Musik und Darstellende Kunst führte. Romain gelang es 2001, die Umbenennung in Universität der Künste Berlin zu erreichen: Aus HdK wurde UdK Berlin. Diese Namensänderung schloss eine bereits mit der Gründung der Hochschule der Künste eingeleitete Entwicklung ab. Spezifische universitäre Befugnisse, wie das Promotionsrecht, besaß die Hochschule schon seit Längerem. Am 14. Juli 2005 verstarb Lothar Romain. Zu seinem Nachfolger wurde der bisherige Erste Vizepräsident und Professor für Konzertgitarre Martin Rennert gewählt. 2009 trat er seine zweite Amtszeit an.