Projekte (z.B. Dienstleistungen oder Auftragsforschung), die im Rahmen der Betriebe gewerblicher Art durchgeführt werden, sind in der Regel umsatzsteuerpflichtig. Während die in den Ausgangsrechnungen genannte Umsatzsteuer an das Finanzamt abgeführt werden muss, kann im Gegenzug die in den Eingangsrechnungen ausgewiesene Umsatzsteuer (auch Vorsteuer genannt) vom Finanzamt erstattet werden. Hierfür ist eine ordnungsgemäße Rechnung gemäß § 14 Abs. 4 UStG erforderlich. Die durch das Finanzamt erstattete Vorsteuer wird dem Projektbudget wieder gutgeschrieben.