Aufgewachsen in Köln, Studium der Theaterwissenschaft, Literaturwissenschaft und Soziologie an der dortigen Universität, 1972 Spielleiter am Nationaltheater Mannheim, 1973 Oberspielleiter am Thalia Theater Hamburg, freier Regisseur, dann 1979 Intendant des Schauspiels Köln. 1985 kehrte er ans Thalia Theater zurück, das er 15 Jahre lang leitete und zu einem der künstlerisch und wirtschaftlich erfolgreichsten Sprechtheater Deutschlands machte.

Mit Luigi Nonos „Al gran sole carico d’amore“ inszenierte Jürgen Flimm 1978 in Frankfurt erstmals eine Oper. Seitdem hat er an vielen Opernhäusern gearbeitet – wie an der Mailänder Scala, der Metropolitan Opera, am Royal Opera House Covent Garden, an der Chicago Opera, der Nederlandse Opera Amsterdam, der Berliner Staatsoper Unter den Linden, der Zürcher Oper, der Wiener und der Hamburgischen Staatsoper, bei den Bayreuther Festspielen und bei den Salzburger Festspielen.

Jürgen Flimm war Dozent an der Harvard University, der New York University, Professor an der Universität Hamburg und ist Ehrendoktor der Universität Hildesheim. Er ist Mitglied der Akademien der Künste in Hamburg, München, Berlin und Frankfurt und Mitglied des Kuratoriums der Rudolf-Augstein-Stiftung. Ihm wurden zahlreiche Auszeichnungen und Ehrungen verliehen.

Von 1999 bis 2003 war Flimm Präsident des Deutschen Bühnenvereins, von 2002 bis 2004 Schauspieldirektor der Salzburger Festspiele. Als Nachfolger von Gründungs-Intendant Gerard Mortier leitete er die Ruhrtriennale von 2005 bis 2007. Jürgen Flimm war von Oktober 2006 bis August 2010 Intendant der Salzburger Festspiele, seit September 2010 ist er Intendant der Berliner Staatsoper im Schiller Theater.